mi son riguardato la cosa, ripartendo da 0, perchè in questi casi è meglio ripartire prova direttamente così,senza farti troppi conti sul codice

function controllo(f) {
var prefcell=f.prefcell;
if (prefcell.value == "" || prefcell.value.length != 3) {
alert("Il prefisso del cellulare deve essere di 3 cifre");
return false;
}
else if(isNaN(prefcell.value)) {
alert("Il prefisso del cellulare deve contenere un valore numerico");
return false;
}
else return true;
}