E' un problema noto, sono anche state fatte alcune piccole applicazioni che modificano i plug-ins che non servono.

Qui trovi un articolo (dal titolo abbastanza divertente...) e la spiegazione di come farlo manualmente
http://www.theinquirer.net/?article=11041

Qui trovi un programmino che fa tutto lui in automatico: si chiama "Adobe Reader SpeedUp" :http://www.tnk-bootblock.co.uk/prods/misc/index.php