ciao, è probabile che non sia esatto perchè non sono un geniaccio sul php cmq:
tu hai scritto: onClick="window.open('file.php?id=$dati[id]');
prova a scrivere onClick="window.open('file.php?id=<? echo $dati[id] ?>');

ciao fammi sapere se è tutto ok e non ti incacchiare se non funge...