1) Si, ti sei "distaccato" dal server NT, nel senso che il server NT viene utilizzato soltanto come DNS, mentre la posta viene gestita sulla macchina W2K. (Comunque la posta dipende ancora dal server NT per la risoluzione del record MX, per svincolarti del tutto sposta la zona sul DNS della macchina W2K).
2) L'antivirus (se è un prodotto serio) deve andare con il servizio SMTP attivo (cioè NON devi stoppare il server SMTP)