ciao.
quando compili un progetto, il compilatore crea l'eseguibile dove hai indicato tu.io per esempio indico sempre il desktop per facilitā.
vedrai quindiun'icona del tuo eseguibile.per mettere il programma nella barra delle applicazioni come dici tu, devi creare un collegamento e inserirlo direttamente nella barra. quindi per fare in modo che questo non venga visualizzato basta che non ce lo metti!
probabilmente usi winxp quindi prova a vedere nelle impostazioni del tuo so che ti dice...altrimenti controlla pure le impostazioni del compilatore che usi.