Nella cartella C: o in C:\windows dovresti avere uno o più files system.xxx, che in realtà sono precedenti versioni di system.ini salvate dal sistema prima dell'installazione di qualche software.

In modalità provvisoria potresti provare a rinominare l'attuale system.ini in system.quellochevuoi e a rinominare il più recente dei system.xxx in system.ini e poi a riavviare la macchina.

In molti casi ciò sistema il problema.