Attenzione che se la partizione win è NTFS rischi di perdere tutto !
Non sono sicuro di aver capito bene il problema ... ma se usi Knoppix come LIVE CD (senza installarlo), i dischi presenti vengono montati in sola lettura.
Per poterci scrivere su devi fare così:
Smonti il disco (se è montato - dx sull'icona, smonta, OK.)
Poi dx, sull'icona del disco, sx su proprietà, dx su dispositivo, togli il segno di spunta dalla casellina "solo lettura", sx su permessi, setti tutto leggere e scrivere (o simile), OK, rimonti il disco e sei a posto