se ho capito bene l'errore è nel fatto che
http://www.miosito.com/?variabile=pippo passa la variabile al file index che però non se ne fa nulla

potresti richiamare la pagina passando la variabile:

print "<frame name=\"mainFrame\" src=\"pagina.php?variabile=$_GET[variabile]\" scrolling=yes>";

in questo modo la variabile passa da index a pagina.

comunque se il frame è evitabile io lo eviterei.
orami è fuori moda anche nelle pagine normali, con php ti cerea + casini che vantaggi

eraclito