Se capisco bene, tu vuoi semplicemente stampare tutti i tuoi id estratti....
Codice PHP:
$sqlId="SELECT IdChiamata FROM Call where Matricola='".$Matr."' LIMIT 50";
$risId = mysql_query($sqlId) or  die(mysql_error());
while($rId=mysql_fetch_array($risId)){

echo "
<td><font face='Tahoma' size='1'>
<a href=\"TabellaHD.php?loid=2&id=$id&IdCall=$rID[IdChiamata]\"
<class='speclink'>[b] $cont [/b]</a></font></td>
";

} 

quello che stampi e' tutto da rivedere (quello dentro echo) perche' non capisco da dove prenderesti i dati. ($id - $cont).
Poi usi un CSS (class) e metti il tag font. Non rispetti l'ordine di apertura / chiusura dei tag HTML.....

Cerca di ragionare al maschile quando fai algoritmi. Il mondo non e' complicato come sognano le donne.