ciao, in web-apps devi avere una cartella che si chiama root, al suo interno creati una tua cartella e ricorda di mettere un file index.htm perchè tomcat prende quello di default, se crei dei jbeans, per esempio per gestire la connessione al db, mettili in web-inf creati una cartella classes ed una tuo package, ricordati di richiamarlo nelle servlet, cmq tomcat è un compilatore in servlet, cioè tu scrivi jsp che vengono tradotte in servlet

ciao