Per la coda basta usare l'opzione append quando apri il file e poi ci scrivii normalmente... in Perl è:

open(FILE, ">>file.txt")

>> significa in append ed è pari pari stile bash.
Mentre per la coda, non ne conosco opzioni ma ti posso consigliare di mettere tutto il file in un buffer, poi lo apri in scrittura, scrivi quello che devi scrivere e gli scrivi dopo il buffer in modo da mettere il tuo testo in testa