Se ho capito giusto (ma ho dei dubbi), non ti piacciono le finestrelle che si aprono quando usi alert().

Come diceva Var, si possono sostituire con delle window.open(), ma con vari effetti negativi per cui sono sconsigliabili.
Effetti negativi:
1. tempo di caricamento (devono essre scaricate dal server, mentre le finestre di alert sono generate dal browser);
2. le finestre di popup possono venir disabilitate dal browser (in tal caso non vederesti nulla);
3. le popup sono deprecate dal W3C (non sono gia` piu` usabili in XHTML strict);