le ricerce full-text sono utilizzabili solo dalle myIsam. Cmq esistono vari benchmark in giro, alcuni di parte, altri meno. Se devi farlo solo per le ricerce ti consiglio le myIsam, se invece ti servono vincoli di integrità referenziale e transazioni allora innoDB, le prestazioni non sono uguali, le innoDB sono + prestanti in alcuni casi mentre le myIsam in altri... dipende dall'utilizzo che devi farne