scusami, qualcosa lo dovrai pur inserire in queste pagine, quindi non capisco quale sia il problema nell'inserire un iframe, a differenza dei frame non ti costringe a cambiare la struttura della pagina ma ha un utilizzo simile a quello che può essere un layer, con la sola differenza che gli puoi associare una pagina come origine.
In altenrnativa potresti usare anche dei layer o qualsiasi altro "contenitore" e popolarlo dinamicamente tramite js o se puoi usare qualche linguaggio lato server tramite php o asp.
Ti basterebbe davvero solo fare un include("banner.php"), usando php ovviamente, per avere i benner in tutte le tue pagine. Questa sicuramente sarebbe la soluzione migliore.