E' normale, gli fscommand funzionano solo nel proiettore (e alcuni anche nell'swf stand-alone), ma non funzionano quando l'swf è all'interno di una pagina html.
NON puoi eseguire un .exe direttamente dalla pagina web, verrà sempre mostrata la finestra di avviso che chiede all'utente se aprire il file o salvarlo, e per fare questo usa

getURL("nomefile.exe")

(un po' come in html useresti <a href="file.exe"> )