Prova a ridimensionare la nuova finestra aperta a tuo piacimento, dopodichè tasto destro su un link e apri in un'altra finestra. Dovrebbe averti conservato le dimensioni da te scelte.

Purtroppo però questa soluzione vale fino a quando mentre navighi non trovi qualke script che ti fa un ridimensionamento automatico.

Se invece vuoi che quando apri IE dal desktop ti si apra a tutto schermo fai così:

Start->Esegui->Regedit

HKEY_CURRENT_USER->Software->Microsoft->Internet Explorer->Main

e cancella la voce Window_Placement

Spero vada bene