Trimball, nel tuo caso però mi sembra ancora + strano.

Perchè se tu, sullo stesso server, hai dei siti che parlano, uno di calcio, l'altro di scienza, un altro ancora di attualità, non vedo perchè dovrebbe indicizzare solo uno dei tuoi siti e non gli altri.
Questo andrebbe contro una politica indirizzata all'utente.

Nel mio caso invece sono 4 siti identici ma in lingue diverse e tutti sullo stesso server.