non funziona perchè data non è un TIMESTAMP o DATE, ma in formato unix like. prima di poter usare la funzione DAYOFWEEK devi passarlo da unix like a TIMESTAMP o DATE tramite la funzione FROM_UNIXTIME.

"SELECT COUNT(data) FROM MIA_TABELLA
WHERE DAYOFWEEK(FROM_UNIXTIME(data,"%Y-%m-%d")) = 2";