Ti spiego come risolvere nell'altro modo:

Abbiamo appurato che il tuo sottodominio è questo
http://e-commerce.megaserviceonline.it/

ma il tuo server per impostarlo crea un frameset, che non è il massimo per i motori di ricerca soprattutto se non è gestibile nel codice. Questo frame carica questa pagina:
http://www.megaserviceonline.it/ecommerce

cioè una sottocartella...che immagino abbia una pagina di default index.php o index.html (non so dimmelo tu). Bene in quella pagina metti un redirect ad una pagina index2.php o index2.html che sarà la tua vera home page.

In questo modo quando gli utenti digitano
http://e-commerce.megaserviceonline.it/

verranno automaticamente portati a
http://www.megaserviceonline.it/ecommerce/index2.php

e ti risolvi il probelma del refresh....

Non so se la procedura adesso ti è più chiara, eventualmente sai come fare per impostare il redirect? Senno te lo dico io, ma prima speigami meglio come nasce questo terzo livello cioè come lo imposti? Lo fai tu da pannello di controllo o lo richiedi al provider? (puoi dirmelo via email o anche in PVT...

A proposito guarda anche il mio messaggio in PVT