Non dovrebbero esserci problemi.

Sei sicuro che non ci siano altre virgole dentro la stringa?

Ti propongo una modifica ai soli fini di debugging:

var str = document.form1.tot_importo.value;
alert("uno: " +str);
str = str.replace(/\,/,".");
alert("due: " +str);
var num = parseFloat(str);

PS: sei sicuro che le parentesi siano matchate correttamente?