ho avuto anch'io una serie di problemi con flash e gli amici del forum mi hanno aiutato le modifiche che ho fatto sono:
1) realizzare una home page in html con due link, uno alla versione flash e l'altra alla versione html
2) realizzare un sito parallelo in html al sito in flash e collegato alla stesso
3) realizzare una pagina sitemap solo in html e linkata tramite html puro al tutte le pagine flash
etc etc per altri suggerimento fai una ricerca sul sito ne troverai molti

ps lo swf si adatta alle dimensioni dello schermo come quando lo lanci direttamente da flash, è l'html (che flash produce automaticamente) che ne gestisce le dimensioni, colore di sfondo etc etc. inoltre se vedi l'html prodotto fa flash è privo dei tag title, descripition e keywords, bisogna intervenire manualmente
ciao