per quello che ne so io essendo comunque un processore unico deve eseguire le cose fondamentalmente "in serie", il multithreading non è propriamente in parallelo, pero' permette di risparmiare tempo in caso le aree di memoria che utilizzano siano le stesse.

in quel caso non credo che in ogni caso si sfruttino i benefici del multithreading, xke i processi sono 2 separati (A e B), quindi i thread di un processo non collaborano con i thread dell'altro, e credo che alla fine quello che lui faccia è fare prima un thread e poi l'altro (o comunque "un po'" e "un po'" fino a che non finiscono) in parole povere le cose che potrebbe risparmiare secondo me non le fa,
quindi o usi una sola istanza di mysql e fai gestire a lui la concorrenza (E quindi la scelta del disco in cui scrivere),pero' non so aiutarti sul come fare, oppure usi piu processori...

alla fine viene sempre eseguita UNA istruzione alla volta per processore...anche con il multi threading