Il bottone e lo script li ho messi nella stessa pagina in un frame "bottom", mentre nel frame "content" ho caricato le pagine con la matrice.

Graficamente la struttura della pagina dovrebbe essere + o - quella in allegato: pensavo di gestire le pagine di contenuto in un iframe (o in un frame) per caricare la pagina con i link una volta sola, ma dal tuo messaggio avevo capito che array e funzione dovessero stare in due frames diversi...forse ho capito male: intendevi dire che script e matrice devono stare in un frame diverso da quello in cui si carica la pagina?

Lo script è richiamato da un js esterno, può essere un problema?