Ancora mancano dei pezzi: la funzione waitWindow2() e la Close().

Ma da quanto dici sembra che la servlet sia un processo sul server.

Da JS non puoi agire sul server o controllarlo.
Il server ed il client si "parlano" solo nella richiesta di una pagina (client --> server) o nello scaricamento della pagina (server --> client).

Ci possono essere poi degli effetti legati al caching delle pagine sul client (non viene ricaricata una pagina gia` presente sul client).

Credo che dovresti rivedere il progetto alla luce di queste considerazioni.