Io faccio così e funziona....ai tempi del solo HTML per questi trasferimenti prima di tutto sbiancavo le pagine, cioè le svuotavo...delle pagine bianche, però con gli stessi nomi e le stesse cartella strutturali del sito quando era attivo, (naturalmente tutto questo dopo aver già trasferito il sito sul nuovo server) poi in ogni pagina lasciata vuota ci inserivo un redirect automatico (perchè google non clicca) ad ogni pagina relativa presente sul nuovo server. Questo perchè un redirect automatico con META TAG google lo sente e lo classifica come doorway (meglio evitare) mentre il javascript non lo sente, ma ne viene indirizzato, cioè in parole povere lo spieder entra sul tuo vecchio server, le pagine sono vuote ed è portato a non indicizzarle nuovamente, ma dallo script viene portato sulla nuovap agina sul nuovo server con i contenuti....così gradatamente sostiuisce la vecchia pagina con la nuova, non classificando la vecchia come doorway e non pensando ad un mirror dato che le vecchie pagine sono vuote hanno solo lo stesso nome, affinché lo spider non trovi un errore 404.

Il click manuale lo eviterei perchè google lo prenderebbe come link normale e potrebbe non sostituire la pagina in modo corretto.

Meglio ovviamente se il javascript di redirect è inserito in un file .js esterno e rchiamato dalla varie pagine, a me questa tecnica ha sempre funzionato a meraviglia.

Adesso faccio lo stesso solo che sono pagine PHP qyuindi uso un redirect in PHP ma il concetto è lo stesso!