A parte postare nel forum di scripting per i problemi di script ;-)

Comunque ci sono molti metodi per rendere una pagina nascosta, visibile.
Per esempio self.focus(); inserito sempre dopo aver creato la pop up:

var w = window.open('','','');
w.focus();

Così ogni volta che crei una nuova pop up la rendi visibile, oppure i metodi che ti hanno appena descritto.