Il dato che inserisci e' un TIMESTAMP UNIX il che significa il numero dei secondi intercorsi dal 01-01-1970 00:00:00 al momento dell'assegnazione di TIME() alla variabile $riferimento.

Quindi contiene tutti i riferimenti assoluti di quel momento e non ripetibili.

Forse confondi TIME() di PHP con il campo in formato TIME di MySQL...
Il dato TIME() messo in $riferimento, va inserito in un campo di tipo INT(10) e trattato come dato numerico.