Bene, allora ti basta usare i pixel invece della percentuale, in quest omodo nno avrai deformazioni nelle due risoluzioni. Semplice!

Devi sapere che flash è vettoriale e quindi può estendersi tutto, sempre che le immagini siano di buona qualità altrimenti sgranano pure li (dato che quelle non sono vettoriali). Mentre l'HTML non è vettoriale ma percentuale, pertanto non può strirare anche immagini etc....la cosa più vicina è l'uso delle percentuali, ma in tal caso devi pensare un sito che muovendosi in percentuali non si sformi né si "smonti", se invece lavori con un sito con determinate dimensioni, per esempiocon sfondo progettato preciso per l'800x600 allora l'unica è usare tabelle fisse con pixel, in questo modo la pagina non si sfonmerà.

Purtroppo sono necessari dei compromessi, pensa a cosa vuoi e adottane uno piuttosto che l'altro a seconda di quel che preferisci mantenere....