ciao
potrebbe essere che la cartella dove hai i file, mentre si è connessi al sito, non ti fa cancellare quello che a te non serve;
per farti 1 esempio, non riuscivo a fare l'upload nel mio spazio del nuovo DB (sovrascrivere quello esistente);

dovresti chiedere all'admin del tuo server come fare, anche se mi sembra molto strano che non debba aliminare i file.