Devi considerare le matrici come una serie di array ove la prima dimenzione indica l'array a cui ti riferisci (l'indice [i] dell'esempio riportato qui sotto) e la seconda dimenzione (indice [j])indica la posizione di un elemento all'interno dell'array specificato.
Nell'img qui sotto ti faccio una sorta di scema di una matrice a tre dimenzioni.

|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|j|
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i| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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i| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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i| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |


Ti scrivo un esempio per l'inizializzazione di una matrice con i cicli for

int indice=0;
for(int i=0;i<10;i++)
{
for(int j=0;j<10;j++)
{
matrice[i][j]=indice++;
}
}