comincio a capire.....

Molto probabilmente non si tratta di una "cache" ma molto semplicemente non e' quella la directory dove mysql mette i dati. Mi spiego tu credi che la directiry sia quella in cui metti i files, mentre mysql li mette da un'altra parte. prova un bel find nome file a partire dalla route, scommetto che ne troverai due di file di dati.