Ho provato ed hai ragione!

Pare come se IE tenesse automaticamente la grandezza del font come grandezza minima infatti facendo questa modifica:

#box_2 {
width: 100px;
height: 2px;

font-size:1px;

position: absolute;
margin-top: 50px;
margin-left: 20px;
background-color: #FFF;
}

pare funzionare!

Aspetto altri commenti da chi conosce il problema!