Non esiste una proprieta' "indice" da consultare... devi scorrere gli oggetti del form e confrontarli con quello selezionato:
codice:
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function indice(obj) {
rv = -1; //valore per errore
for (var i=0;i<document.nomeForm.nomeCheckBox.length;i++) {
 if (document.nomeForm.nomeCheckBox[i]==obj)
   rv=i;
}
return rv;
}
//-->
</SCRIPT>
<form name="nomeForm">
<input name="nomeCheckBox" type="checkbox" onclick="alert(indice(this))">
...
ciao