E` vero solo in parte (se le pagine non sono fatte a regola d'arte).

Certo che se ci sono dei link inseriti solo dentro lo script i motori non riescono a seguirli.
Ma neppure i browser dove e` disabiltato o non disponibile JS.

Conviene pertanto fare pagine fatte bene, con tutti i link espliciti nel codice HTML (eventualmente dentro il tag <noscript> ): in tal modo si ottemperano le norme per l'accessibilita` (vedi ad es. legge Stanca) e i motori di ricerca riescono a seguire i link.