Non e` molto difficile da capire.
Evidentemente ti mancano alcune basi di PHP e JS.

Ti consiglio una lettura di un tutorial (ce ne sono sul sito HTML.it sia per JS che per PHP).

In parole povere, quello contenuto fra i tag <? e ?> viene eseguito sul server prima di inviare la pagina al client, il resto viene eseguito dopo (sul client).