Allora, quando vai nell'esportazione del file, sotto alla lista di colori trovi (nella versione inglese) l'indicazione sulla trasparenza, un piccolo menu a tendina dove devi scegliere il tipo di trasparenza. Quella di default è "Nessuna Trasparenza". Sceglila "Alpha" e dovresti aver risolto. Guarda anche la preview per confermare (la trasparenza mostra i quadratini grigi e bianchi).