Fai partire una funzione all'evento onload.

Ad esempio:
Nella finestra madre:

var win = window.open (....)

...
function finestra_aperta() {
win.document.forms[0].myhidden.value = 'valore';
}

Nella popup:
<body onload="window.opener.document.finestra_aperta();" >

Oppure piu` semplicemente:
Nella finestra madre:
...
var win = window.open (....)
var variabile = 'valore';

Nella popup:
<body onload="document.forms[0].myhidden.value = window.opener.variabile;">