Non credo sia quello il problema.

window.opener identifica una finestra (o frame), non un documento.
window.opener.document e` sintassi valida
(comunque anche document.document e` sintassi valida)

L'errore potrebbe accadere se:
- la finestra corrente non e` stata aperta da un JS;
- i domini delle pagine contenute nelle due finestre sono diversi.