E` molto complesso seguire il filo del codice PHP: un'altra volta posta solo il codice che arriva al client.
mancano le virgolette o apici attorno a vari valori degli attributi, cosa che e` importante con browser diversi da IE, ma suppongo che stai testando conIE.
Comunque questo pezzo
var num = document.theForm.elements["menu1[]"].length;
boxLength=menu1.length;
alert(num);
ufficiLength=menu2.length;
alert(ufficiLength);
dovrebbe diventare:
var boxLength = document.theForm.elements["menu1[]"].length;
alert(boxLength);
var ufficiLength = document.theForm.elements["menu2[]"].length;
alert(ufficiLength);