E` molto complesso seguire il filo del codice PHP: un'altra volta posta solo il codice che arriva al client.

mancano le virgolette o apici attorno a vari valori degli attributi, cosa che e` importante con browser diversi da IE, ma suppongo che stai testando conIE.

Comunque questo pezzo
var num = document.theForm.elements["menu1[]"].length;

boxLength=menu1.length;
alert(num);
ufficiLength=menu2.length;

alert(ufficiLength);

dovrebbe diventare:

var boxLength = document.theForm.elements["menu1[]"].length;
alert(boxLength);

var ufficiLength = document.theForm.elements["menu2[]"].length;
alert(ufficiLength);