non so, ma non credo che sia lì il problema (sull'inserimento nel properties). Cmq prova a fare così: creati un file e nel ciclo invece di aggiungere property al properties aggiungi una riga al file ad ogni iterazione fatta in questo modo:
key + "=" + val
dove:
String key = (String)e.nextElement();
String val = (String)propertiesFile.get(key);

in questo modo scrivi sto properties a mano e non tramite i metodi della classe Properties.
Vedi un pò che esce fuori