Ciao,
in Mysql io di solito (per fortuna ultimamente mi capita di rado) faccio qualcosa del genere:

Prima di tutto un bel backup e poi

--tabella di parcheggio
CREATE TEMPORARY TABLE myTmp AS SELECT DISTINCT * FROM tabella_con_duplicati

--svuoto l'originale
TRUNCATE tabella_con_duplicati ;

--inserisco di nuovo i record, questa volta unici
INSERT INTO tabella_con_duplicati SELECT * FROM myTmp;

Se non vuoi eliminare i duplicati e basta, e invece devi aggiornare i dati di un duplicato aggiungendogli quelli di quello da eliminare, devi sudare un po' con sql

Con RDBMS diversi da Mysql le cose possono essere più semplici