Devi cambiare il nome della variabile cui associ l'oggetto finestra, ed il nome della finestra:

winOpened=window.open(page,"nomefinestra","height= 480,width=600,scrollbars=no");
winOpened.focus();
...
winOpened1=window.open(page,"nomefinestra1","heigh t=100,width=100,scrollbars=no");
winOpened1.focus();