non ti fasciare la testa prima di romperla

visto che già ti devi complicare la vita per renderla facile agli utenti... non cercare di complicarla ulteriormente cercando soluzioni difficili.

trovi che utilizzare un database sia comodo? bene scegli quella via.
mysql è in grado di gestire talmente tanti record che probabilmente non riuscirai a metterlo in crisi.

se le tabelle dovessero ingrandirsi parecchio puoi pensare a qualche procedura di manutenzione.