mkinitrd

oppure puoi fare cosi'... prendi una knoppix, la avii di emergenza e fai chroot su debian, quindi installi un kernel da apt-get della stessa versione del tuo (es. 2.6.7 per i386).

Dopo l'installazione, apt-get ti aggiorna anche il bootloader (usi lilo o grub?), basta che modifiche la voce del menu, dicendo al sistema di usare il tuo kernel (quello che hai compilato) ma l'initrd del kernel che hai scaricato!

Essendo la stessa versione dovrebbe funzionare!