Uhm, giusto per essere precisi...

1) Che te ne fai di tre winodowsX + il 2003?!

2) Ovviamente linux NON funziona ne' su fat32 ne' su ntfs, ma ha i suoiappositi fs...tu crea pure la partizione di linux in fat, tanto poi al momento dell'installazione ti scrive lui il filesystem corretto.

Puoi fare tutte le partizioni che vuoi su un hd...

Come bootloader e' meglio usare grub