non mi è chiaro perchè non puoi inserire una funzione nell' head,
spiegandoti meglio si potrebbe risolvere

cmq se vuoi tenere il tutto in linea e senza funzioni
codice:
<a href=\"#prodotto.php\" onClick=\"window.open('pop_prodotto.php?codice=$codice','_blank','width=320,height=240,resizable=0,scrollbars=0'); return false\" class=\"link2\">LINK POPUP</a>