immagino che facendo una select nella tabella dei prodotti (in cui ci sarà un campo che associa il prodotto all'azienda) puoi contare i campi di "prodotti" dove l'azienda corrisponde a quella che vuoi cancellare. Se il risultato è 0 continua altrimenti...

$res = mysql_result(mysql_query("SELECT COUNT(id) FROM tabella_prodotti WHERE azienda=$id_azienda"),0);