Detto... fatto:
codice:
import java.io.*;
import org.jdom.*;
import org.jdom.input.*;
import org.jdom.output.*;

public class XMLFile {

   private SAXBuilder builder;
   private Document doc;
   private String nomeFile

   public XMLFile(String nomeFile) {
      this.nomeFile = nomeFile
      creaDocumento(nomeFile);
   }

   private void creaDocumento() {
      try {
         builder = new SAXBuilder(false);
         doc = builder.build( new File(nomeFile) );
      } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); }
   }

   public String getValore(String ramo, String nodo) {
      Element datiDB = null;
      String risultato = null;

      try {
         datiDB = doc.getRootElement().getChild(ramo);
         risultato = datiDB.getChild(nodo).getText();
      } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); }

      return risultato;
   }

   public void setValore(String ramo, String nodo, String valore) {
      try {
         Element datiDB = doc.getRootElement().getChild(ramo);
         datiDB.getChild(nodo).setText(valore);
      } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); }
   }

   public void salvaFile() {
      try {
         XMLOutputter out = new XMLOutputter("   ", false, "UTF-8");
         out.output(doc, new FileOutputStream(nomeFile));
      } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); }
   }
}
Esempio d'uso: suppongo che esista un file di nome dati.xml
Questa classe, ovviamente, funziona per files strutturati così:
codice:
<?xml... ?>
<ROOT>
   <FIGLIO1>
      <NODO1></NODO1>
      ...
   </FIGLIO1>
   <FIGLIO2>
      <NODO1></NODO1>
      ...
   </FIGLIO2>
   ...
</ROOT>
codice:
XMLFile xmlFile = new XMLFile("dati.xml");

// Leggo il valore del nodo "NODO1" nel sottoalbero "FIGLIO1"
String valore = xmlFile.getValore("FIGLIO1", "NODO1");

// Lo reimposto come voglio, lo modifico
xmlFile.setValore("FIGLIO1", "NODO1", "nuovoValore");

// Salvo il file apportando le modifiche
xmlFile.salvaFile();
Ovviamente questa classe è costruita ad hoc per un file con una struttura con un massimo livello di annidamento come quello proposto, è sempre possibile gestirselo come si vuole!

Ciao.