certo che puoi!

un file che contiene solo codice javascript (per principio sono i file .js) può tranquillamente avere PHP come estensione. Ci puoi mettere tutto il PHP che vuoi in modo che quando lo richiami nella tua pagina venga interpretato e restituisce codice JS.

Con PHP puoi scrivere (quasi) di tutto: file CSS, file JS, immagini, ...