No, JS e` piu` razionale, non ha bisogno della formattazione: si puo` farsela.

onChange="calcola();"

dove nella head sara` definita la funzione JS:
codice:
function calcola() {
  var pr = parseFloat(document.getElementById('prezzo').value.replace(/,/, ".") );
  var sc = parseFloat(document.getElementById('sconto').value.replace(/,/, ".") );

  var tmp = pr - pr * sc / 100;
  document.getElementById('netto').value = String(tmp).replace(/\./, ",");
}